熒光檢測器的熒光涉及光的吸收和發射兩個過程，因此任何熒光化合物，都有兩種特征的光譜：激發光譜和發射光譜。
　　激發光譜
　　熒光屬于光致發光，需選擇合適的激發光波長(Ex)以利于檢測。激發波長可通過熒光化合物的激發光譜來確定。激發光譜的具體檢測辦法是通過掃描激發單色器，使不同波長的入射光激發熒光化合物，產生的熒光通過固定波長的發射單色器，由光檢測元件檢測。zui終得到熒光強度對激發波長的關系曲線就是激發光譜。在激發光譜曲線的zui大波長處，處于激發態的分子數目zui多，即所吸收的光能量也zui多，能產生zui強的熒光。當考慮靈敏度時，測定應選擇zui大激發波長。
　　發射光譜
　　一般所說的熒光光譜，實際上僅指熒光發射光譜。它是在激發單色器波長固定時，發射單色器進行波長掃描所得的熒光強度隨熒光波長(即發射波長，Em)變化的曲線。熒光光譜可供鑒別熒光物質，并作為熒光測定時選擇合適的測定波長的依據。
　　另外，由于熒光測量儀器的特性，使光源的能量分布、單色器的透射率和檢測器的響應等性能會隨波長而變，所以同一化合物在不同的儀器上會得到不同的光譜圖，且彼此間無類比性，這種光譜稱為表觀光譜。要使同一化合物在不同的儀器上能得到具有相同特性的熒光光譜，則需要對儀器的上述特性進行校正。經過校正的光譜稱為真正的熒光光譜。
　　激發波長和發射波長是熒光檢測的必要參數。選擇合適的激發波長和發射波長，對檢測的靈敏度和選擇性都很重要，尤其是可以較大程度地提高檢測靈敏度。